Inmitten einer durchschnittlich 700 m hohen, durch Erosion entstandenen Gebirgsrandsenke mit flachwelligen Rücken und weiten Mulden liegt rd. 3,5 km nördlich von Freyung Kreuzberg in beherrschender Höhe. Der Gneisrücken von Kreuzberg (819 m), der durch einen Sattel nahezu höhengleich mit dem Randlberg (791 m) im Nordosten verbunden ist, fällt an allen anderen Seiten gleichmäßig um etwa 150 m zu den Hauptentwässerungsadern des Reschbaches im Westen und des Saußbaches im Süden und Südosten ab.
Die Ebenheiten und leichtgeböschten Hängen der kristallinen Rücken mit ihren lehmigen Sand- und sandigen Lehmböden tragen in den ortsnahen Bereichen Ackerland, in den ortsfernen überwiegen Wiesen und Weiden. Steilere Teilhänge bleiben dem Wald vorbehalten. Das Gebiet um Kreuzberg (= Gereutsberg = gerodeter Berg) ist weithin gerodet, wobei der Kahlschlag von den Dörfern auf den Kuppen ausging. Am isolierten Kegel von Kreuzberg ordnen sich die Besitzstreifen in der Form ehemaliger Waldhufen radial um die Siedlung. Unmittelbaren Hofanschlag besaßen um 1840 nur die Anwesen des äußeren, unteren Ovals. Über Kreuzberg, bereits jenseits des Reschwassers, liegen jene Siedlungen, die erst in einer späteren Ausbauphase in den Fuß des Schönbrunner Waldes und des Lusen hineingerodet wurden.
Kreuzberg war für Jahrhunderte die nördlichste Siedlung am Bergreichensteiner Ast des Goldenen Steiges und verdankt seine Entwicklung zu guten Teilen dem Saumverkehr. Die alte Trasse entspricht etwa der heutigen Straße, die von Süden in den Ort hereinführt und wieder nach Osten abbiegt. Etwa im Gegensatz zu Freyung dürfte von Anfang an die Landwirtschaft den Bewohnern eine sichere Existenzgrundlage geboten haben.
Im Jahre 1354, noch vor Freyung, erwarb Kreuzberg des Marktprivileg. Dieses wurde ganz offensichtlich 1576 wieder eingezogen, während die bischöfliche Maut in dem 1605 wieder „Dorf“ genannten Ort bis ins ausgehende 17. Jh. verblieb. Trotzdem fanden weiter Wochen- und drei Jahrmärkte statt. Umfang und dichte Bebauung der Siedlung entsprachen um 1840 eher einer Markt- als einer Dorfanlage.
Während der Verkehr auf dem Bergreichensteiner Zweig des Goldenen Steiges im 17. Jh. deutlich nachließ, sprudelte eine andere Einnahmequelle unvermindert weiter: die Wallfahrt zur Heiligen Anna auf dem Kreuzberg. Sie gilt als eine der ältesten St. Anna-Wallfahrten Deutschlands und kann bis zum Jahre 1429 zurückverfolgt werden, als die Stadtgemeinde Passau „30 Kirchfahrten auf den Creutz Perg“ versprochen hatte. Im Jahre 1777 berichtet der Pfarrer von Freyung von rd. 60 000 Wallfahrern, die allein an den „Goldenen Samstagen“ (drei Samstage nach Michaeli, 29.9.) aus dem Hochstift, dem Bayerischen, dem angrenzenden Böhmen und aus Österreich zugeströmt waren.
1971 kam die Gemeinde Kreuzberg, die nur das Kirchdorf selbst umfaßte (1970: 747 Einwohner), zur Stadt Freyung. Eine althergebrachte, heute nur mehr selten zu findende Institution überstand die kommunale Zusammenlegung: die „Waldgemeinde der Nutzungs-berechtigten“. Während um 1860 etwa 250 ha Wald an einzelne Berechtigte vergeben wurden, verblieb der größere Teil von rd. 500 ha im Nordosten des Dorfes als Gemeindewald und wird nach einem ausgeklügelten Zahlungsschema gemeinsam genutzt.